El espíritu de Tucídides está marcado por los movimientos científicos y filosóficos del siglo V: en especial, la política y la medicina. Por eso, jamás recurre en sus explicaciones a la noción de fortuna ni a fuerzas sobrenaturales; la suerte de los hombres la determinan causas naturales y, sobre todo, sus propias decisiones.En su estudio minucioso de la guerra, Tucídides observó con rigor tres principios generales: a) se ciñó a la guerra entre ambas confederaciones griegas, con lo que evitó cualquier dispersión; b) sólo se fiaba de los hechos que podía comprobar personalmente, y se preocupó de entrevistar a los testigos oculares de los acontecimientos y de confrontar testimonios; c) estaba convencido de que la cronología constituía la trama esencial de su obra, y se esforzó por fijarla. Su concepción de la historia es menos amplia que la de Heródoto, pues no incluye la antropología, y la geografía sólo en un nivel utilitario. Su espíritu está marcado por los movimientos científicos y filosóficos del siglo V y su aspiración de descubrir la verdad: en especial, le influyen las jóvenes disciplinas de la política y la medicina, por su capacidad de diagnóstico, de clasificación de síntomas y de prescripción y previsión de fenómenos semejantes. Por eso, jamás recurre en sus explicaciones a la noción de fortuna ni a fuerzas sobrenaturales (calamidad, hado, némesis); para él (tan moderno), las fortunas de los hombres las determinan causas naturales y, sobre todo, sus propias decisiones.Desde el capítulo 25 del libro V, se nos narra los años (421-414 a.C.) de falsa paz o guerra fría, la expedición de los atenienses a Sicilia (415-413 a.C.) y la reanudación de la guerra en el 414, cuando se abre una segunda fase también de diez años, la Guerra de Jonia o de Decelia. En el libro V destaca el famoso diálogo entre melios y atenienses sobre la concepción de la política (el llamado Diálogo de Melos, que según muchos constituye el núcleo de la Historia). El libro VI es, a juicio de algunos estudiosos, el mejor de toda la obra junto al VII: ambos narran la trágica aventura ateniense en Sicilia.